L’Europe a laissé aux états membres le choix de la démarche à adopter pour atteindre les objectifs fixés dans le cadre des deux directives.
Ainsi, la France a choisi d'agir en concertation avec les acteurs concernés par le site en mettant en place un comité de pilotage (COPIL). Celui-ci est composé des représentants des organismes agissant sur le site (les Chambres d'agriculture, les Directions Départementales des Territoires et de la Mer - DDTM, les associations, les propriétaires forestiers, les fédérations...). Il est chargé d'élaborer un document d'objectifs (DOCOB), qui définit les enjeux et les préconisations de gestion.
Après approbation du DOCOB par le préfet, l'animation du site se fait selon une démarche volontaire et contractuelle : le but est de proposer aux propriétaires ou ayant-droits de s’engager dans une charte ou un contrat Natura 2000 (on parle de mesures agro-environnementales et climatiques – MAEC - pour les agriculteurs).
Représentation schématique du fonctionnement d'un site Natura 2000
Le réseau se structure à l'échelle nationale et déploie désormais des outils d'informations, tels qu'une lettre destinée aux élus :
lettre_des_elus_1.pdflettre_des_elus_2.pdflettre_des_elus_3.pdf
A l'occasion des 30 ans de la Directive Habitats, le réseau publie également des "belles histoires", tout au long de l'année 2022.
